Margarita inicia su Corporación Antioquia Presente en mayo de 1994, a raíz de la tragedia de la cuenca del río Páez, atendiendo a la población indígena de la zona para promover la solidaridad, atender donantes y trabajar de la mano con los afectados. En 1998 emprendió su apoyo con la reubicación de familias víctimas del conflicto sociopolítico por mandato de los donantes, recorriendo 7 municipios en los cuales aprenderían la geografía de la violencia. Fueron cientos de víctimas que atendieron, las cuales buscaban una mano amiga que les ayudara a recuperar la esperanza que habían perdido por su situación.

En 1999 la población cafetera quedó devastada tras sufrir el terremoto en el Eje Cafetero, debido a esta situación, el gobernador de Antioquia, el alcalde de Medellín y la Corporación se unieron para coordinar y articular sus esfuerzos, trabajando de manera solidaria y organizada para ayudar a toda la región. Este es uno de los proyectos más grandes de la historia de la corporación, ya que tuvo un apoyo de 32.000 millones de pesos para la reconstrucción del municipio de Tebaida, con 28.000 habitantes y 92% de destrucción. Hasta el momento se han realizado cerca de 200 proyectos, beneficiando a más de 31.000 personas.